沖縄の水辺環境には形の改変と水質汚濁など、形と水質の問題・課題があり、漫湖はそれらのいずれも有することを前頁で紹介した。
現在の漫湖の面積は、1945年に米軍が撮影した航空写真の約半分の58haに減少している。今後、これ以上の面積減少と、饒波（のは）川下流左岸でわずかに残るヨシ原の自然湖岸の改変がないことを希望する。
　漫湖における土砂の流入堆積の問題は、国場川・饒波川両流域における宅地造成や畑の耕作、河川工事などが流出要因と考えられ、同湖がいわば河口の大きな沈砂池（ちんさち）の役目を果しているといえる。両流域における流出源の特定とそれらの流出量の推定が急がれる。ここ25年間に土砂やゴミが流入し、堆積したことによって湖底が全体的に浅くなった。そのためマングローブの生育に適したレベルに達し、特にメヒルギは、この10年の内にそのほとんどが自生の形で急激に広がった。
　漫湖における有機物の汚濁は、真玉橋（国場川水質測定基準点）のBOD値でみると、昭和61年に汚れが最も著しく、当時全国のワースト5にランク入りしていた。しかし、それから8年後の平成6年度、同地点で水質の環境基準を達成した。汚れが著しい当時、流域の豚舎排水と生活排水の多くが漫湖に流れ込んだため、過剰と思われる有機物が供給されていた。そのとき漫湖は図らずも「浄化槽（じょうかそう）」の役目も果していたといえる。漫湖に流れ込む有機物（汚濁）量は、国場川から2.8ton/日（平成4年度）、饒波川から1.4ton/日（平成6年度）、合計4.2ton/日と推算されている。

　漫湖の湖面に生育しているマングローブは、そのほとんどがメヒルギで他にヤエヤマヒルギとオヒルギがみられる。漫湖北岸や自然の岸では、シマシラキやクロヨナ、オオハマボウなども見られる。漫湖におけるヒルギ類の面積は、とよみ大橋に囲まれたの饒波川左岸部分で9ha、湖岸沿いが2ha、合計で約11haに達している。
　漫湖におけるマングローブの役割としては、1)沖縄の河口湿地として多様性に富んだ生物生産性の高いマングローブ生態系を構成している、2)落ち葉（オヒルギ林で乾重9.1ton/ha/年）など漫湖の有機物（栄養）の供給源である、3)留まり木及び岸沿いで鳥が安心して採餌できるシェルター（保護壁、緩衝帯、ヒンプン）になる、4)コンクリートの護岸を緑で修景している、5)自然と環境の教育のための優れた素材となる、などがあげられる。一方、欠点として1)干潟（開放的な湿地）の面積を減少させる、2)ゴミや土砂などを捕集する、3)水の流れを妨げる（河積阻害）、などがある。